固体与表面理论计算初级班授课内容预览

原作者Pai Li，本文转自一个人就是一个叠加态的博客，http://blog.sina.com.cn/s/blog_b364ab230102vya1.html

jmol的好处：

1. 用java写的，在win，linux，mac系统中都能方便使用。
2. 能直接可视化vasp结构文件（POSCAR，CONTCAR），cif格式，及xyz动画格式。
3. 默认显示键长
   需要说明，显示vasp结构文件时，原子颜色没有区分，其他格式没有问题。可使用pos2cif.pl等脚本将POSCAR或CONTCAR转成cif文件再查看。

jmol下载地址：

http://sourceforge.net/projects/jmol/files/latest/download?source=files
jmol的运行需要系统安装了java运行环境（JRE）。在此条件下，win用jmol.bat，linux用jmol.sh, mac用jmol.mac。 shell中运行可以直接在jmol.sh后加结构文件名，win环境中可直接将结构文件往jmol界面拖即可加载该结构文件。

java运行环境（JRE）安装

JRE下载地址：
http://www.java.com/en/download/manual.jsp

1. win系统
   直接下载安装即可

2. linux系统

   可先输入命令java -version判断系统是否已经安装java

   若没有安装，下载rpm安装包。root用户直接进行普通的rpm安装即可。非root用户可用以下方法：

   rpm2cpio *.rpm |cpio -idvm

   得到usr文件夹，里面有bin文件夹，java运行环境即安装成功。

   记得将java的bin目录加入环境变量。然后用java -version查看版本信息以判断是否安装成功。

   若显示：

   Error occurred during initialization of VM
   java/lang/NoClassDefFoundError: java/lang/Object

   则进入与bin文件夹同级的lib文件夹，将里面的所有后缀为pack的文件用bin里面的unpack200解压成jar文件即可。命令如下：

   for i in *.pack
   do
   a=`echo $i|cut -d . -f 1`
       ../bin/unpack200 $i $a.jar
   done

---

转载请注明来源，欢迎对文章中的引用来源进行考证，欢迎指出任何有错误或不够清晰的表达。